wp cliはとても便利で、一度使うとダッシュボードからマウスでゴニョゴニョやる気が失せるほどです。
wp cliでパーマリンクの更新も行えます。
パーマリンクの更新とは、設定⇒パーマリンク⇒保存という定番の操作です。
この操作をwp rewrite flush
というコマンドで行うことができます。
しかし、実際にそのコマンドを実行してみても、.htaccessが生成されないことがほとんどです。
wp rewrite flush
で.htaccessが生成されない理由
原因は、公式サイトに書かれています。
Resets WordPress’ rewrite rules based on registered post types, etc. To regenerate a .htaccess file with WP-CLI, you’ll need to add the mod_rewrite module to your wp-cli.yml or config.yml.
https://developer.wordpress.org/cli/commands/rewrite/flush/
.htaccessを生成するには、wp-cli.ymlかconfig.ymlファイルに指定の内容を書かないとダメらしい。
その内容とは、以下のようなものです。
apache_modules:
- mod_rewrite
config.ymlはどこにある
~/.wp-cli/config.yml というファイルに書き込めばよろしい。
ない場合は、作成すればOK。

Config
WP-CLI has a series of global parameters (e.g. –path= and –user=) which work with all commands. They are called global p...
まとめ
wp cliはレンタルサーバーに最初からインストールされている場合もありますが、自前でインストールしても動きます。
ですが、今回のように設定ファイルに追記しないと動かない機能もある点、注意が必要です。